La Comunità di Bari viene eretta il 17 ottobre 1898 dalla Superiora Generale Madre Angela Ghezzi, su richiesta della Deputazione Provinciale di Bari e di Mons. G. Vaccaro, per la direzione dell’”Istituto Margherita di Savoia”, in via Cavour. Esso comprende una scuola elementare, complementare o di perfezionamento ed un educandato per giovinette di famiglie distinte della città e della provincia ed è finanziato dalla Provincia.

Nel 1901, Madre Ghezzi, volendo aiutare anche le famiglie povere, apre una scuola materna per i bambini poveri, che diviene anche centro di assistenza per le ragazze del popolo, in Via Davanzati, ed affida queste due attività alla Comunità dell’”Istituto Margherita”. Questi due servizi cessano nel 1916 a causa della guerra.

Nel 1912, la comunità, ormai troppo numerosa per l’ampliarsi delle opere, viene divisa in due: “Convitto Capitanio” e “Istituto Margherita” residenti nello stesso stabile.

Nel 1924, poiché la Provincia richiede i locali per sistemare l’Istituto tecnico, la Superiora Generale, Madre Vittoria Starmusch, dà inizio, nel rione Carrassi, alla costruzione di un nuovo edificio che sarà ultimato nel 1926 e che accoglierà le due comunità con la rispettiva opera educativa.

Nel 1929 viene aperto il Ginnasio, nel 1940 il Liceo classico. Durante la seconda guerra mondiale (1940-1945), un gruppo di suore si dedica pure all’assistenza dei feriti nell’ospedale militare “Balilla”.

Nel 1958, le due Comunità sono unificate, mentre il Convitto viene trasformato in pensionato universitario.

Nel 1973 viene aperto il Liceo Scientifico che sarà chiuso nel 1993.

Nel 1994 è riaperta la scuola materna. La comunità dagli anni settanta in poi farà sempre più ricorso all’aiuto del laicato: in particolare per l’economato nel 1997 e la segreteria nel 1998; nel 2000 anche le due presidenze della Scuola Media e del Liceo, sono affidate ai laici.

Dal 2001 la Scuola ha ottenuto il riconoscimento paritario in ogni ordine e grado.